苏州市医药工业中盐酸的主要用途包括以下几个方面：

1. 药物合成：盐酸是许多药物合成过程中的重要试剂，用于合成各种有机化合物和药物中间体。

2. 酸洗和除锈：在医药工业中，盐酸常用于清洗设备，除去金属表面的锈迹和氧化物，以保证生产的卫生条件和设备的正常运行。

3. 调节pH值：盐酸在药物制剂中有时用作pH调节剂，以确保药物在特定pH范围内稳定，并提高药物的溶解性和生物利用度。

4. 提取和分离：盐酸在某些情况下用于从天然产物中提取特定的生物活性成分，或在分离过程中作为洗脱剂使用。

5. 消毒和杀菌：盐酸具有一定的杀菌作用，因此在医药工业中有时用于设备消毒或手术器械的清洗。

6. 分析检测：盐酸在医药分析中作为酸化剂使用，有助于提高某些药物或成分的检测灵敏度。

7. 制备盐酸盐：盐酸可以与某些金属离子反应生成盐酸盐，这些盐在医药工业中用作药物的添加剂或赋形剂。

需要注意的是，尽管盐酸在医药工业中有诸多用途，但由于其酸性较强，使用时必须严格遵守安全操作规程，防止对人员和环境造成伤害。此外，盐酸的挥发性和腐蚀性也要求在储存和使用时采取适当的防护措施。